El origen de la ciudad como tal se remonta al año 1000 antes de Cristo y se cree fue fundada por una tribu local de origen íbero, los Iacetanos cuyos dominios alcanzaban hasta Huesca por el sur y Lérida por el este con Jaca, Iacca, como centro administrativo. Se dedicaban a la agricultura y el pastoreo y en aquella época eran conocidos por su belicosidad a la hora de defender sus intereses.
Con la entrada de los romanos en la península ibérica y la conquista de Jaca por el cónsul Marco Poncio Catón, la ciudad vive una época de auge y se convierte en una plaza básica para la vigilancia de las fronteras pirenaícas por parte de los romanos, hasta mediado el siglo V de nuestra era en que tiene lugar la invasión por parte de los godos y la consecuente decadencia del Imperio Romano.
La dominación de los godos en esta zona explica el porqué pudo llegar a ser patrona de Jaca una santa nacida en el norte de Europa, Santa Orosia, y es que según algunas fuentes era una princesa de aquellas latitudes que se dirigía a Toledo para contraer matrimonio con un príncipe visigodo, pero al atravesar nuestras montañas fue capturada en una emboscada por los musulmanes que para hacerla renunciar de su condición cristiana no dudaron en utilizar todos los medios a su alcance, incluido el martirio y la posterior decapitación. Años después en las proximidades de Yebra de Basa, Santa Orosia se le apareció a un pastor que cuidaba de su rebaño y le pidió que edificara una ermita en la que venerar su cabeza y que el resto de su cuerpo se trasladara a la Catedral de Jaca. Evidentemente estos hechos no se pueden documentar o probar de modo fehaciente pero son de gran importancia en la cultura popular de la zona.
Con la invasión musulmana de la península ibérica en el año 710 y su avance hacia el norte, las montañas cercanas a Jaca se llegan a convertir en uno de los últimos reductos de los cristianos y, aunque gran parte de la Jacetania padece la dominación islamista al igual que el resto de la península y parte de Francia, es entonces cuando aparece un personaje hasta entonces desconocido llamado Aznar descendiente de Galindo de origen franco. Aznar recupera estos territorios y se autoproclama Conde de Aragón. Jerónimo Zurita ( Zaragoza, 1512-1580) historiador aragonés nos describe esta gesta:
"De los condes de Aragón y Barcelona; y de otros que tuvieron señorío en los montes Pyreneos.
Aznar conde de Aragón, señoreó en los Pyreneos y tuvo a Jaca: se apodera de los montes de Aspa y Sobrarbe. Concurrieron por este tiempo Aznar conde de Aragón y Galindo su hijo, que tuvieron el señorío en aquella parte de los montes Pyreneos que era de la región de los vascos a donde fue muy nombrada en lo antiguo la ciudad de Jaca. Estos se apoderaron de las fuerzas de los montes de Aspa y acometieron por las fronteras y valles de Sobrarbe, y perseveraron con grande valor en hacer guerra a los moros con ánimo de proseguir por aquella parte su conquista. "
A principios del siglo XI, un hijo de Sancho el Mayor, rey de Pamplona, se proclama dueño y señor de Aragón tras vencer en la batalla de Tafalla a su hermano García de Nájera. Estamos hablando de Ramiro I, primer monarca del incipiente Reino de Aragón que establece su trono en Jaca. Es con él cuando se comienza la construcción de la Catedral, a la par que la de Santiago, y gracias a la autorización del Papa Nicolás II la ciudad pasa a ser también sede episcopal.
Le sucedió en el trono su hijo Sancho Ramirez que contribuyó en gran manera a la lucha contra los musulmanes. Bajo su mandato fueron construidas multitud de fortalezas y castillos siendo los mas significativos los de Loarre y Montearagón. Falleció en el año 1094 durante el sitio a la ciudad de Huesca y fue enterrado en el Monasterio de San Juan de la Peña. Su hijo Alfonso I el Batallador culminó con la conquista de Zaragoza las luchas contra los musulmanes y estableció allí la capitalidad del reino.
La segunda mitad de la Edad Media fue al igual que otras zonas de la península de funestas consecuencias para Jaca debido a las enfermedades y los incendios que llegaron a devastar incluso el Monasterio Viejo de San Juan de la Peña a finales del siglo XV.
Tales calamidades eran caldo de cultivo idóneo para los desordenes sociales y las luchas por el poder y es aquí donde Fernando el Católico viene a solucionar este caos con la instauración de un gobierno local que depende del monarca. La elección de este organo de gobierno que en principio puede parecer neutral como veremos más adelante, se realizaba por el llamado método de insaculación, palabra que recientemente fue protagonista de una anécdota por parte del Presidente del Congreso José Bono al recurrir a ella para celebrar una votación en el hemiciclo. La susodicha insaculación consistía en introducir unas bolitas de cera en un saco con los nombres de los candidatos a ocupar los diferentes puestos, luego un menor de diez años era el encargado de extraer las bolas.
Este sistema que en principio puede llegar a parecer avanzado para una época en la que el rey otorgaba prebendas en función de sus intereses, suponía más de lo mismo ya que los candidatos eran elegidos por el mismo monarca entre la oligarquía local, la alta burguesía y en general todas aquellas personalidades que le fueran afines.
Sea como fuere con Fernando II de Aragón, el Católico, la ciudad toma un nuevo impulso apoyado en la burguesía local que ejerce una suerte de mecenazgo cultural con manifestaciones en su Catedral de San Pedro.
